Таймлайн сюжета и, соответственно, всей игры - TYL!арка. То есть, игра ведётся от лица тех людей, что жили и продолжают жить в будущем, а не тех, которые вернулись в прошлое.

Победа над Бьякураном развеяла туман над будущим Вонголы и Савада, восстановив справедливость, успешно вёл дела семьи. Но, как говорится, в тихом омуте черти водятся. И вот, на горизонте появляются проблемы. Проблемы, которые надо срочно и оперативно решать. Сразу в нескольких уголках мира с ответвлениями Вонголы происходят странные вещи - покушения, истребления, убийства, предательства. Соответственно, даже сам Савада понимает, что без его вмешательства здесь не обойтись и отправляет несколько своих хранителей разбираться с проблемами по миру, а сам, вместе с Ямамото, отправляется к самой пострадавшей части семьи - в Россию. На основной же базе остаётся только Гокудера, как правая рука босса и его, фактически, заместитель. Но и тут всё нечисто - внезапно, как по мановению чьей-то руки, "приказом Савады" полномочия босса переходят к Занзасу, страсть к власти которого разгорается с новой силой.
Конечно, ни один из членов Вонголы не понял такого выбора - но если это приказ босса, истинного наследника в десятом поколении, разве можно подвергать его решения сомнению? Тем более, что он официально это подтвердил.
Правда, сам Тсунаёши, находясь в России, ничего об этом не знал - ему предстояло столкнуться с совершенно иной проблемой - алчным аркобалено Мармоном, который, подкупленный некой семьёй Риетто, и устроил этот маленький маскарад, собственными иллюзиями заставив всех поверить в достоверность приказов Савады и теперь намереваясь разобраться и с ним непосредственно. Но, естественно, действовал он не один...